1、创立时间不同 ：南京同仁堂，历史悠久，其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业。 北京同仁堂于1669年(清康熙八年)乐显扬创办同仁堂药室。

2、主营业务不同 ：北京同仁堂奠基了中药西制的先河,中成药是其主要产品,是集现代制药业、零售商业、医疗服务板块于一体的现代中医药集团。

3、历史发展不同 ：北京同仁堂 1669年(清康熙八年)乐显扬创办同仁堂药室。2000年5月 成立了北京同仁堂科技发展股份有限公司。

南京同仁堂药业有限责任公司于1926年在南京开业；1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司；1957年定名为南京同仁堂制药厂； 1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。

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