上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心由上海市人民政府与世界健康基金会于上世纪九十年代立项建设，1998年正式建成对外开放
时任国家主席江泽民为医院题写院名，时任美国总统夫人希拉里
克林顿女士为医院开张剪彩。医院是国家首批“211工程”、“985工程”及“双一流”儿科重点建设学科，2017年医院获批成为国家儿童医学中心。
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